Registros de datos de orquídeas en el territorio nacional.
library(sf)
library(DT)
library(leaflet)
library(dplyr)
library(leafem)
library(leaflet.extras)
library(plotly)
library(spData)
library(tidyr)
library(raster)
library(rmapshaper)
# Carga datos de provincias
provincias <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_provincias_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
# Carga datos de registros de presencia de orquídeas
orquideas_CRS <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
# Carga de la capa de áreas silvestres protegidas (ASP)
areas_silvestres_CRS <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
# Asignación del sistema de coordenadas
st_crs(orquideas_CRS) = 4326
st_crs(areas_silvestres_CRS) = 4326
orquideas_CRS <-
orquideas_CRS%>%
mutate(coordinateUncertaintyInMeters = as.numeric(coordinateUncertaintyInMeters))%>%
mutate(eventDate = as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"))
# Eliminar registros de presencia de orquideas
orquideas_CRS$species[orquideas_CRS$species == ""] <- "Nulo"
orquideas_CRS <- orquideas_CRS %>%
filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) & coordinateUncertaintyInMeters <= 1000) %>% filter(species!="Nulo")
cat("Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ", nrow(orquideas_CRS))
## Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: 646
areas_silvestres_CRS <- areas_silvestres_CRS %>%
filter(descripcio!="Area Marina de Manejo" & descripcio!="Area marina protegida")
cat("Cantidad de registros después de eliminar los registros con valor de “Area Marina de Manejo” o “Area marina protegida” ", nrow(areas_silvestres_CRS))
## Cantidad de registros después de eliminar los registros con valor de “Area Marina de Manejo” o “Area marina protegida” 148
# Creación de conjunto de datos con la cantidad de especies
registros_asp_CRS <-
areas_silvestres_CRS %>%
st_make_valid() %>%
st_join (orquideas_CRS) %>%
group_by (nombre_asp) %>%
summarize(especies = n())
# Asignar CRS al conjunto anterior
st_crs(registros_asp_CRS) = 4326
# Mapa
# Paleta de colores
colores_especies <-
colorNumeric(palette = "Reds",
domain = registros_asp_CRS$especies,
na.color = "transparent")
# Mapa Registro de orquídeas
leaflet() %>%
addTiles(group = "OSM") %>%
addPolygons(
data = registros_asp_CRS,
fillColor = ~ colores_especies(registros_asp_CRS$especies),
fillOpacity = 0.7,
stroke = TRUE,
color = "black",
weight = 1,
popup = paste(
paste(
"<strong>areas_silvestres_CRS:</strong>",
registros_asp_CRS$nombre_asp
),
paste(
"<strong>Cantidad de orquideas:</strong>",
registros_asp_CRS$especies
),
sep = '<br/>'
),
group = "areas_silvestre_CRS - especies de orquideas"
) %>%
addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
overlayGroups = c("areas_silvestres_CRS - especies de orquideas")) %>%
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_especies,
values = registros_asp_CRS$especies,
group = "areas_silvestres_CRS - especies",
title = "Cantidad de orquideas")